Від 10% до 80% геномів у зразках зі столичного метро — це мікроорганізми, які не вдається ідентифікувати за базами даних.
У київському метро знайшли невідомі бактерії. Проєкт MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes), який досліджує "мікробне населення" станцій метрополітену світу, проаналізував стан київської підземки.
Від 10% до 80% геномів у зразках зі столичного метро виявилися невідомими науці.
Про це повідомляє "Громадське".
"Уже чотири роки поспіль учені 21 червня спускаються в метро і ватними паличками ретельно збирають аналізи з лавок, стін, підлоги, поручнів ескалаторів, автоматів для продажу квитків та інших поверхонь. Зібрані з усього світу зразки надходять до лабораторій Нью-Йорка. Там дослідники "прочитують" генетичний матеріал, який вдалося зібрати", - йдеться у статті.
За допомогою технологій секвенування (тобто читання послідовностей ДНК та РНК) визначають генетичний матеріал, який потрапив до зразка. Треба зауважити, що у зразку опиняються не цілі геноми тієї чи іншої бактерії або вірусу, а лише їхні фрагменти — менші або навіть більші. Потім дослідники знаходять фрагменти "генетичного тексту", які доповнюють один одного, складають їх і порівнюють отримані геноми з тими, що є в базах даних. Ті алгоритми, які використовувала група Крістофера Мейсона, доктора із Корнельского університету, склали зокрема з фрагментів "генетичного тексту" збудника сибірки та збудника чуми — бактерії Yersinia pestis.
У дослідженні було виявлено, що від 10% до 80% геномів у зразках зі столичного метро — це мікроорганізми, які не вдається ідентифікувати за базами даних. Тобто це щось невідоме науці.
З відомих науці бактерій, котрі знаходять у столичному метро, приблизно 80% — це мікроорганізми, які живуть на шкірі людини чи в її дихальних шляхах і зазвичай не викликають хвороб. Такі самі бактерії знаходять і в інших метрополітенах світу.
Водночас будь-яке метро має свої характерні пропорції тих чи тих груп мікроорганізмів. За цим "підписом" можна визначити, з якого саме міста походить зразок. Це відкриває перспективи використання таких аналізів, наприклад, у криміналістиці.
До речі, на станції метро "Контрактова площа" в Києві також знайшли геном чумної палички — як і в наземному транспорті Нової Зеландії та Нігерії. У цьому будь-хто може пересвідчитися за допомогою спеціальної бази даних, створеної за результатами проєкту MetaSUB, де можна переглянути карту мікробів у всьому світі.
В Україні проєкт MetaSUB працює від 2017 року й поки обмежується Києвом. За словами координаторки Аліни Фролової з Інституту молекулярної біології та генетики НАНУ, проєкт фактично тримається на волонтерах.
Аліна Фролова каже, що значно більше про мікробне населення київського метро ми дізнаємося років за п’ять, коли побачимо дані в динаміці.
Нагадаємо, у київському метрополітені підрахували збитки від коронавірусу. У період жорсткого карантину від 17 березня до 25 травня 2020 року столичний метрополітен недоотримав доходів на суму близько 621 млн грн.